电子商务立法的一个难点，是如何处理各级政府有关部门的关系。电子商务法草案没有规定电子商务主管部门，而是规定“有关部门”，同时又规定了一个“电子商务管理综合协调机制”。
对此，尹中卿指出，电子商务涉及国务院多个部门，从基础载体来说涉及工信部、广电总局、网信办，从交易过程来说涉及商务部、工商总局，还有税务、质监、标准，跨境电子商务还涉及海关。“这些部门之间怎么协调好?也很难”。
尹中卿说，旅游法尽管涉及多行业、多部门，但国家旅游局是主管部门，而电子商务找不到一个主管部门，也无法规定一个主管部门，执法中的困难会很多。如何发挥好有关国家机关监管的合力，既要解决没人管的问题，也要解决大家争着管的问题，这是一个难题。
草案监管和法律责任章节中，基本上用的是“有关部门”。万鄂湘认为，如此规定，将来会出现有责任的时候踢皮球，遇到利益的时候大家都来抢的现象。
万鄂湘建议，为有利于保护消费者权利，应该明确在整个经营过程中最主要的监管者是工商管理部门，以工商管理为主，税务、网信、商务、工信等其他部门为辅，因为消协就设在工商管理部门，直接的责任和权利关系也更加明确。
