2011年底，阿里巴巴公益基金会正式成立。早在基金会成立之初，阿里巴巴集团就承诺将每年千分之三的营业收入用于公益基金，主要用于环境保护工作。

2011年，阿里巴巴公益基金会启动“清源行动”水源保护项目，希望搭建一个供民间力量参与水环境保护的平台，帮助并推动民间机构开展水环境保护工作。

从家乡人保护家乡水，到创造公众参与机会，再到互联网+环保，5年来，作为阿里巴巴公益基金会发展历史最长的项目，“清源行动”资助的水环保组织已遍布全国主要流域和水网，在浙江、江苏、山东、湖南、重庆、昆明等地推动当地环保机构与各地环保局和企业积极互动。

截至2017年，阿里巴巴集团在环境领域共投入2.2亿元，其中阿里基金会资助1.43亿元，资助环保类项目127个，携手80家各地环保组织，在中国14个省市开展和推动水环境保护协同治理工作。

近几年，阿里巴巴公益基金会在水环境保护方面，也逐步形成了借助信息公开、公众参与监督的模式。以阿里巴巴公益基金会资助公众环境研究中心开发的蔚蓝地图APP为例，公众可以在蔚蓝地图中公开查看和下载包括空气质量、水质量和排放污染物的企业信息等在内的环境数据信息，满足公众通过手机随时随地获取和了解身边环境信息的需求。

得益于中国环保部在全球第一个实时公开重点污染源的排放数据和新环保法的生效，阿里巴巴公益基金会和民间组织伙伴，保持了与浙江省环保厅等各地环保部门的良性互动，持续开展对水环境保护的民间监督，向公众及决策者提供政策建议，推动了超过600家大型企业向公众做出环境信息的公开说明。