农产品电商是电商领域中更大的挑战。农产品电商产品中，有一部分是生鲜食品，这些产品存在着供应时效、储运能力和成本控制等方面的问题。不同于农村电商，农产品电商的意义较为狭窄，单单只是对某一类品种命名。
尤其突出的问题是，农产品电商缺乏像工业品电商所能够享有的成熟的产业化的基础，在中国，土地和生产碎片化，农产品生产在现阶段还是以无序、分散和随机性为主要特征，还未能够达到初步标准化生产的水平，其产品的数量和质量尚不具备一致性和可预测性。
比如，即便是同一个村(产地)不同农户生产出的同一作物产品，其质量和口味也会有较大差别;而同一个农户在同一个年份不同批次和不同年份生产出的同一品种产品也会有差异。这种产品品质不一致性和不可预知性，严重阻碍农产品电商的发展。如果一个城市里消费者无法准确预知他所订购的产品质量，那他下单的积极性就一定会受到影响。
此外，小农户为基础生产的农产品在质量监控和品质保障方面，都存在一定漏洞。小农户和生产过程缺乏有效的管理和监管手段也会造成农产品电商的劣币驱逐良币的现象，即“一损俱损、一荣不荣”。
我国的农村县级行政区划约有2900个;县域人口约9.6亿，占全国总人口的70%;从经济总量角度看，全国县域经济的GDP总和约占全国GDP的56%;农村县域经济的社会消费总额大概占全国的50%;可以看出，县域具有巨大的发展潜力。县域经济以县城为核心、农村为腹地，连接工业和农业、城市和乡村，是我国经济社会发展的重要基础和主要增长点。
眼下农产品电商的发展还远不及农村电商发展的影响力度大，但相信在长久以来的坚持下，未来农产品电商的发展必将能为大众所熟悉。
