虽然二次元市场的钱景可观，但前路多艰。与二次元内容变现直接挂钩的二次元电商，在未来的发展道路上需要突破多个关卡。
其一，二次元电商平台的整合能力不足。这主要体现在其对国内外动漫行业优势资源吸引力不够，跨界整合相关行业能力不强。二次元电商作为电商平台的一种类型，它会面临商品同质化、质量参差不齐、更新速度慢等问题。
其二，受制于国内动漫产业整体发展水平，IP匮乏成为行业最大软肋。网络动漫行业从业者王先生说，业内对于二次元经济的前景颇为乐观：“现在这个市场每年的产值是440亿，过两年可能就突破1000亿了。在这个飞速发展的过程中，我们应该选择一些有意思的题材，创造一些新的IP出来。”
其三，大电商平台入驻二次元也会挤占二次元专属电商的生存空间。最重要的是，二次元市场核心竞争力在于优质的内容，二次元电商难以与阿里巴巴这样的大平台竞争。此外，大电商在品牌号召力、议价能力、运营实力、物流、客服等方面所具有的优势，也让二次元专属电商难以匹敌。
