在查处第三方支付机构方面，央行已由中小机构向巨头身上转移。5月10日，央行上海总部公布了对支付宝的处罚决定，因违反相关支付规定，被处罚3万元。在分析人士看来，央行首次对第三方支付巨头企业处罚，警示意味大于实质动作。同日，央行深圳支行也对第二大移动支付巨头财付通处罚同等金额。

5月10日，央行上海总部发布了央行上海分行第134期行政处罚信息公示表。处罚信息显示，支付宝(中国)网络科技有限公司因违反支付业务规定被央行上海分行要求限期改正，处以罚款3万元。

同一日，央行深圳支行也公布了对财付通的处罚信息，处罚信息显示，财付通支付科技有限公司因未严格落实《非银行支付机构网络支付业务管理办法》相关规定，被罚款3万元。

对于支付宝、财付通首次遭央行处罚，中国人民大学重阳金融研究院客座研究员董希淼表示，移动支付市场现在是“双寡头”垄断的格局，支付宝、财付通两家合计市场份额超过90%。央行各对两家机构罚款3万元，警示的意味大于实质的动作。他认为，央行此次处罚传递的信号是，“支付机构的巨头，要带头落实好相关规定，为其他第三方支付机构做好表率。在加强金融监管、防范金融风险的大背景下，央行由此传递出进一步整顿和规范第三方支付市场的信心和决心。”

北京商报记者5月10日就被罚原因询问支付宝及财付通，支付宝方面称，“为贯彻落实《非银行支付机构网络支付业务管理办法》，支付宝在去年初就启动了相关的系统升级和改造工作，并通过各种方式让广大用户理解、认可账户实名制给大家带来的帮助和价值，完成相关的认证工作”。支付宝还表态，“目前，支付宝已按照要求完成相关落实工作，之后将更加严格执行规定要求”。

财付通回应道，“自《非银行支付机构网络支付业务管理办法》发布后，财付通第一时间全面启动了落实支付账户实名制的相关工作。我们一直通过产品引导、用户教育等多种形式，争取妥善、到位地推进实名制的落地工作”。

支付宝、财付通方面虽未明确回复被处罚的原因，但均提到账户实名制的问题。业内人士也指出，双方被罚可能涉及账户实名制。

央行于2015年底发布了《非银行支付机构网络支付业务管理办法》，该办法已于去年7月1日正式实施，按照规定，支付宝、微信等支付机构应该对客户进行实名制管理、对账户实行分类管理。去年，北京某律师事务所律师曾两次向中国人民银行、中国支付结算协会举报微信支付涉嫌违规，举报内容和支付账户实名制有关。对此，支付结算违法违规行为举报中心回复称，其举报属实，将对其给予3000元奖励。