对电商法草案，目前业界争论的焦点问题集中在四个层面：一是草案提出的工商登记等条款是否合适;二是电子商务立法边界问题，局限在零售电子商务是否合适;三是电子商务立法定位问题，究竟应对电子商务秉持鼓励、宽容态度还是严管态度;四是互联网治理的原则问题，国家管的应该是平台和细节等。
对于工商登记的问题，工信部电信研究院副总工程师何霞表示：“我认为，工商登记虽然在法律上是短短的一到两条的条款，但涉及到的市场面非常大，对这样的条款和政策应进行讨论和严肃评估，因为这涉及到上千万人的就业问题。”
对于立法边界的问题，高新民认为：“目前这个电商法草案对B2B电子商务都没涵盖进去，是以零售电子商务为主的，而且目前阿里巴巴、京东的零售电子商务也处于转折点上，不是以前那种概念了，已经走向‘互联网+’、产业互联网化，所以，要不要以零售电子商务为主搞电商立法，这个问题值得讨论。”另有专家指出，如果非要搞一个零售电商为主的法律，最好别叫电子商务法。
多位专家指出，考虑到监管成本的问题，互联网治理的原则应该是“政府管平台，平台管商家”，比如，政府可以通过政策决定平台能否进行低价竞争、补贴等，同时督促平台规划包括零售在内的电商形态。
