除了饱受争议的卫生状况，饿了么在配送系统上的频繁宕机也一直是投诉的焦点。
3月23日，因蜂鸟配送系统故障，导致饿了么部分订单配送延迟，故障大约持续了一个小时。由于正值午饭时间，大批饥饿的网友涌入饿了么官微投诉。平时只有两位数的官微评论，这次却因订单配送问题收到上百条投诉评论。
对于此次的系统“瘫痪”，饿了么的回应是：平台已采取有力措施，防范类似问题再发生。对于故障中受影响的用户，将发放红包补偿。
2016年中，因为315晚会颇受打击的饿了么试图通过一系列优惠活动挽回声誉，顺势推出5.17(我要吃)吃货节，当天每小时都会定点发放红包，然而当用户激动地点击进去开始抢红包时，却发现饿了么服务器已经崩溃，各个页面都无法访问。服务器宕机直接影响了用户订餐，可以确定吃货节的活动效果也大打折扣。
有业内人士分析，出现这种情况可能是硬件服务器太老，抑或系统bug严重。饿了么一而再再而三在系统问题上出现瘫痪状况，不仅使用户体验大幅下滑，同时也面临来自商家端的巨额赔偿压力。
业内曾戏称上海交大商业系出身的张旭豪和清华大学计算机系出身的王兴，是“商业派和技术派”之间的较量，不知这是否可以作为张旭豪过于重视KPI而忽视技术的理由。
种种问题的积压，让张旭豪一再对外否认了和阿里对赌一说，但是在阿里的扶持下，张旭豪似乎离“饿了么独立运作”的愿景越来越远。
